Le moratoire de 5 ans, voté par le peuple en 2005, s'applique à la culture des variétés végétales OGM et à leur utilisation en agriculture; rappelons qu’il ne concerne pas l'usage dans l'alimentation humaine et animale de produits OGM autorisés. Le gouvernement veut attendre les résultats du programme national de recherche "Utilité et risques de la dissémination des plantes génétiquement modifiées" (PNR 59) pour pouvoir prendre une décision rationnelle basée sur les résultats de la recherche publique. Certain projets du PNR 59 abordent en effet des questions aussi importantes que : les variétés végétales OGM sont-ils économiquement intéressants? La coexistence des filières OGM et non-OGM est-elle envisageable? Quels sont les variétés végétales OGM dont d'agriculture suisse a besoin? Les organisations du lobby anti-OGM sont plutôt satisfaites de cette proposition.
Cependant, la prolongation du moratoire de la culture de plante OGM ne se justifie pas et ne peut qu’avoir une incidence négative sur la recherche agronomique de la Suisse et sur les objectifs de diminution des intrants nécessaires à la mise en place d’une agriculture durable. En effet le message du Conseil Fédéral est ambigu, il laisse entendre que l’agriculture suisse bénéficie du moratoire ; le message envoyé à la population est donc que la culture de variétés végétales OGM ne présentent aucun intérêt et pourrait même se révéler dangereuse. Il conforte aussi les opposants dans leurs convictions souvent idéologiques. La prise en compte des résultats du PNR59 pourrait se faire dans le cadre de la législation GenLex existante et n'exige pas la prolongation du moratoire.
En premier lieu il convient de noter que l’affirmation selon laquelle les premières années du moratoire établi en 2005 ont été favorables à notre agriculture n’est basée sur aucune donnée chiffrée ; il s’agit au mieux d’une appréciation qualitative sujette à interprétation. On ne voit pas en effet, alors que toutes les agricultures européennes et en particulier celles des pays limitrophes sont « sans OGM », en quoi l’agriculture suisse se distingue. Si la qualité de ses produits se compare très favorablement à celle de ses concurrents ce n’est certes pas parce qu’elle est « sans OGM ». D’ailleurs le qualificatif « sans OGM » n’est qu’un argument publicitaire à la limite de la concurrence déloyale, il ne correspond pas en effet aux normes d’étiquetage en vigueur dans l’UE et en Suisse ; seul l’étiquetage positif « contient des OGM » est valable légalement.  
On peut se demander si, en cas d’arrêt du moratoire, des paysans auraient vraiment intérêt à cultiver les quelques variétés végétales OGM déjà autorisées. De l’avis général ce ne serait pas le cas. Les attaques de pyrales sur les cultures de maïs fourrager sont peu importante et sans conséquence économique réelle. Les cultures sans labour sont encore en phase expérimentales et5 peuvent très bien être maîtrisées sans variétés résistantes au glyphosate ou autre glufosinate.  Développer des variétés intéressantes pour l’agriculture suisse prendra encore quelques années. Il est donc  important que les essais en champ nécessaires à la recherche puissent être réalisés sans entrave.
L’argument de la santé publique étant hors cause puisque l’usage de produits contenant des OGM dans l’alimentation humaine et animale est autorisé en Suisse, il reste les arguments concernant l’impact écologique et les conséquences économiques liées à la coexistence de plusieurs filières et en particulier de la filière « bio ».
L’impact écologique des variétés végétales OGM ne peut être examiné qu’au cas par cas et dans le cadre d’une pratique agricole donnée. En l’occurrence, même si les résultats du PNR59 sont attendus avec intérêt, il n’en reste pas moins que le corpus de la littérature scientifique disponible et en particulier des derniers rapports de l’EFSA et les publications récentes des chercheurs de l’Agroscope sont sans équivoque, les variétés végétales transgéniques autorisées de présentent pas de problème majeur et dans certaines conditions de cultures présentent des avantages importants par rapport aux variétés normales.
Le problème de la coexistence reste le point d’achoppement principal puisque certaines filières agricoles exigent un seuil limite de présence de trace d’OGM. Ce seuil est fixé aujourd'hui à 0.9%. Le terme « contamination » régulièrement usité impressionne par sa connotation négative qui nous renvoie à des contaminations bactériennes ou chimiques de sinistre mémoire. Il n’en est évidemment rien puisque, si trace il-y a d’un ADN spécifique dans un produit « bio », cela n’enlève rien à la valeur nutritive ou gustative de ce produit et ne présente aucun risque; reste bien entendu la perte de valeur symbolique qu'il convient cependant de relativiser.
Les prétentions compensatoires de la filière « bio » sont cependant de nature essentiellement financières. Celles-ci devraient être replacées dans le contexte général déjà largement pratiqué de la coexistence des cultures spéciales. L’exemple le plus classique est celui des cultures de variétés végétales de tournesol et de colza riches en acides oléique (HOLL). Chaque agriculteur qui se lance de ce type de culture sait qu’il doit respecter des distances minimales de sécurité s’il veut que sa récolte soit conforme. C’est exactement ce qui devrait, dans un contexte de bon voisinage se passer pour les variétés végétales OGM.
L’avenir d'une agriculture respectueuse de l’environnement réside dans quelques principes simples : utiliser toutes les méthodes disponibles, que celles-ci proviennent des expériences de l’agriculture biologique, de l’agriculture traditionnelle ou/et des biotechnologies. Ce n’est pas un moratoire à la signification symbolique douteuse qui permettra cette approche, mais une application des lois et surtout une bonne volonté et une ouverture d’esprit qui, aujourd'hui fait singulièrement défaut.